Игра постепенно идет и в ней происходят какие-то важные события. Они и будут отражены в этой теме.
На начало игры Наруто 15 лет. Он не уходил на тренировку из Конохи, но чему-то все же научился. Как и Сакура. Саске тоже пока что на месте. Все из их выпуска уже успели стать чуннинами.
Мир со скрытым песком не заключен.
Забуза с Хаку после событий на мосту ухитрились выжить и вновь живут, скрываясь в деревне тумана.
Орочимару не сидит сложа руки. Помимо захвата деревень его интересую новые сторонники, поэтому змеиный саннин отправляется в Коноху, где находит свою бывшую ученицу, Митараши Анко. Пообещав продолжить ее обучение он переманивает девушку на свою сторону. Теперь в Скрытом Листе на одного джоунина меньше а в Скрытом Звуке, соответственно, больше.
Гаара встречается с Хокаге для заключения мирного договора, но из-за вмешательства Орочимару переговоры приходится остановить. Посланный саннином Кабуто вламывается в кабинет пятой и передав той непонятного содержания касету исчезает. Цунаде в ярости. Гаара остается в Селенье Скрытого Листа, что б через несколько дней вновь встретиться с Пятой.
Жизнь в Конохе идет своим чередом, внешне во всяком случае. Поэтому команда Шино-Хината-Ли получают миссию и отправляются в Кири, для ее выполнения.
Ознакомившись с содержанием кассеты Пятая в ярости и обеспокоена безопасностью деревни, поэтому она вызывает Какаши и дает ему приказ незаметно следить и охранять прибывающего у них Казакаге.
Орочимару продолжает вербовку ценных кадров и следующие в его списке – это Хаку и Забуза, которые скрываются в Деревне Тумана. Туда отправляется Кабуто, с целью переманить одного из семи мечников и юного гения на сторону Звука.
Акацки тоже не дремлют. Предвидя намеренья Орочимару, Лидер посылает Итачи и Кисаме в скрытый туман, с приказом Забузу и Хаку найти, убить и получить за головы награду.
Сасори с Дейдарой в это время направляются в Коноху.
Первым добравшись до Кири, Итачи выслеживает и нападает на Хаку с Забузой. Увы, природная осторожность берет верх и, после непродолжительной схватки, Учиха отступает для того, что б встретиться с напарником и действовать уже вдвоем. Немного времени спустя, мечника тумана с учеником находит Кабуто. Рассказав о возможности присоединиться к скрытому звуку и заручившись их согласием, он собирается доставить тумаников к Орочимару, но на пути вновь встают акацки. Завязывается сражение и, поняв что с двумя такими противниками им не сладить, Кабуто использует выданный Орчимару на крайний случай свиток телепортации.
Замаскировавшись и проникнув в Коноху, Сасори с Дейдарой первым делом знакомятся с девушкой - геннином Миямо. Наивная куноичи предлагает молодым людям пожить у нее и те немедленно пользуются ситуацией, устраивая ей допрос с пристрастием. Узнав, что по деревне ходят слухи о переходе некой Анко на сторону звука они убивают девушку и разделяются для поисков Джинчуурики.
Тем временем, в Коноху приезжает цирк и, расположившись на главной площади, начинает готовиться к представлению. Когда туда стягивается достаточно народу, в числе которых: троица из песка, Хатаке Какаши, Киба и Сасори с Дейдарой, циркачи погружают основную часть людей в генджицу и огораживают площадь непроходимым барьером. После трое из них отправляются обворовывать резиденцию хокаге, а остальные нападают на застрявших на площади шиноби. Завязывается сразу несколько битв, в ходе которых Хатаке Какаши убивает своего противника – иллюзиониста Сакику. От рук Сасори погибает бывший акробат Фей-Лонг, а в битве с Кибой умирает дрессировщик Кимадори.
Дейдара пытается подорвать и изловить Гаару и, в ходе битвы, последний теряет контроль над Шукаку.
Троица благополучно доходит до здания Хокаге и разделяется. Бывшая акробатка Лей-Лонг незаметно проникает в архив где ищет некие важные докумены, вырубив по пути Шизуне. Экс-мим Рюга разговаривает о жизни и периодически обменивается парой-другой ударов с Сакурой, а вежливый юноша Хазуи получает на свою голову сразу двух противников, в лицах пришедшего с докладом Сая, и очнувшегося от Комы Хаяте.
Тем временем в Коноху со своего задания возвращаются Хината, Шино и Рок Ли.
Изначально на миссию отправились Хатаке Какаши, Абураме Шино и Хьюга Хината вместе с монахом Сокубу, которого нужно было доставить в храм Солнца. На них напали фанатики, и во время этой битвы Ли заменил Какаши, а джоунин вернулся в Коноху. Обнаружилось, что Сокубу - это охотник за сокровищами, поэтому команда изъяла у него статуэтку. Шиноби отправились в обнаруженную Хинатой пещеру, где
сразились с пещерником, сообщником Сокубу. В пещере находились связанные монахи храма Солнца, которых захватили охотники за сокровищами. Вскоре в пещеру проник Тентомару, который усыпил Ли духовой трубкой. Вслед за ним вошел один из пещерников, которого после оглушил Тентомару, превратившись в Ли с помощью Хенге. Хината заметила обман, и начался бой между шиноби Листа и "фанатиком". В конце Тентомару путем обмана удалось уйти, а коноховцы
вернули статуэтку в храм Солнца и отправились обратно домой, договорившись с монахами, чтобы те отправили оглушенного пещерника в тюрьму.
Оказавшись в родной деревне Хината с Ли отправляются на заслуженный отдых, а деятельный Шино отправляется на площадь, где и застает картину общего бедлама.
Обнаружив искомые документы, Лей-Лонг дает сигнал к отступлению и исчезает.
В след за ней уходят Рюга, не забывший прихватить раненого Саем Хазуи, и дравшиеся до этого с песчаниками Тира и Кусакари.
Купол над площадью наконец падает, открывая всем желающим доступ на площадь и выход с нее, чем немедленно пользуется Дейдара. Угодивший в песчаную гробницу, но оставшийся после этого живым акацки планирует получить моральную компенсацию, взорвав всю площадь.
Но сбыться планам творца не суждено. В то время как Дейдара спорил с напарником, на него одновременно напали Шино и Нейджи. Не успевший увернуться подрывник теряет сознание и унесен с площади и из деревни кукловодом. Укрывшись в захолустном городке на территории страны огня, Сасори перевязывает раны напарника и докладывает Лидеру о неудаче.
В Конохе жизнь кипит полным ходом. По деревне рыщут анбу, здоровые шиноби помогают - чем могут, а возмущенная произошедшем Темари отправляется устраивать разнос Хокаге.
Тем временем на площади, Шино обнаруживает, что при атаке несколько его жучков остались на Дейдаре и Киба предлагает отследить акацки. Команда из Него, Нейджи и Шино отправляется в погоню, предварительно отправив Хинату рассказать об этом Цунаде, а Сакура остается лечить и помогать раненым.
В офисе Хокаге царит оживление. К Пятой постоянно шастают с докладами, упорно не давая сосредоточится и спокойно поговорить с Темари. Однако, было принято решение, к отследившим пару из акацки отправить подкрепление, в лице Юуры, Тифы и Нумии.
В захолустном городке Рейна, рядом с местной гостиницей происходит столкновение объединенных отрядов шиноби Конохи Сунны с акацки. Первых представляют: Киба, Шино, Нейджи и Нумия, а вторых – Тифа и Юура. От акацки выступили Сасори и посланный ему на помощь Лидером Итачи. Небоеспособный Дейдара наблюдает за развитием событий из окна и тихо ругается.
В ходе сражения от рук Итачи гибнет Нумия Найло, а Нейджи получает тяжелые ранения и отравлен сильнейшим ядом Сасори. В определенный момент битвы происходит смена кадров. Тифа и Шино уходят в Коноху за подкреплением, а им на смену появляются Рок ли и Саша Матерасу.
В звуке наконец оживился Орочимару. Он собирает команду подчиненных из Таюи, Забузы, Хаку и Анко, которым предстоит проникнуть в Коноху с какими-то туманными, но явно не хорошими целями.
В Конохе полным ходом идут переговоры Хокаге и Казакаге. Цунаде с Гаарой битый час обмениваются загадочными взглядами и туманными фразами, но ни к чему путному прийти пока не могут. Сопровождающая брата Темари молча страдает.
Вернувшиеся в деревню Тифа и Шино разделяются. Уроженка Сунны остается в больнице лечиться, а жуковод направляется прямиком в резиденцию с докладом к Шизуне. Последняя не теряет времени даром и отправляет в Рейну Собранный за прошедшее время отряд захвата из нескольких команд АНБу.
В Суне новые выпускники академии формируются по командам. Так в одну команду попадают Сунгокай Шига, Шинкиро но Канми и Мюку Отори. Однако команда остаётся без сенсея, так как человек, который должен был им стать, находится на выполнении задания. Временным сенсеем тройки объявляет себя упитанный и расхлябанный чуннин Футохчо Номи.
Лидер Акацки даёт новое задание своим подчинённом, на этот раз волю Лидера
будет выполнять его напарница Конан. От неё требуется проникнуть в Деревню Скрытого Песка и провести разведку. Конан пересекает пустыню и уже собирается вступить в деревню, но на входе её задерживают и несмотря на точно подделанные документы проводят в помещение, более всего напоминающее темницу.
Хидан с Какузу занимаются финансовым вопросом организации. Их очередная цель – монах из Страны Камня, за головой которого они потихоньку и топают, обмениваясь сомнительными любезностями и пугая несчастных местных кошек, жизнь которых и без того полна тягот и лишений.